間取り変更は自由にできますか?

ほとんどの場合可能です。木造住宅の柱の切り取りやツーバイフォー住宅の場合別に補強が必要となり、梁補強などが必要です。
但しRC造の住宅は、壁自体が基礎の役割をしているので壁を取り払う工事はおすすめ出来ません。